终显庆元年春三月百官谢示御制寺碑文六年夏五月庚午，法师以正译之余，又译《理门论》。又先于弘福寺译《因明论》。此二论各一卷，大明立破方轨，现比量门，译寮僧伍竞造文疏。时译经僧栖玄将其论示尚药奉御吕才，才遂更张衢术，指其长短，作《因明注解立破义图》，序曰：
盖闻一消一息，范围天地之仪，大哉至哉，变通爻画之纪。理则未弘于方外，事乃犹拘于域中。推浑元而莫知，穷阴阳而不测。岂闻象系之表，犹开八正之门，形器之先，更弘二智之教者也。故能运空有而双照，冥真俗而两夷，泛六度于爱河，驾三车于火宅。是知法王法力，超群生而自在，自觉觉人，摧众魔而独悟，业运将启，乃雷震而电耀，化缘斯极，亦火灭而薪尽。观其应迹，若有去来，察此真常，本无生住。但以弘济之道，有缘斯应，天祚明德，无远不臻，是以萌蒂畴昔，神光聊见于曩时；祥瑞有归，净土咸款于兹日。
伏惟皇唐之有天下也，运金轮而临四有，握璇极而抚万方，耀慧日于六天，蒸法云于十地，西越流沙，遂荒妙乐之域；东渐于海，掩有欢喜之都。振声教于无边，通车书于有顶，遂使百亿须弥既咸颁于望祑，三千法界亦共沐于皇风。故令五方印度改荒服于藁街，十八韦陀译梵文于秘府。
乃有三藏玄奘法师者，所谓当今之能仁也。聪慧夙成，赅览宏赡，德行纯粹，律业翘勤，实三宝之栋梁，四众之纲纪者也。每以释教东迁，为日已久，或恐邪正杂扰，水乳不分，若不稽实相于迦维，验真文于摩竭，何以成决定之藏，为毕竟之宗者乎？幸逢二仪交泰，四海无尘，遂得拂衣玄漠，振锡葱岭，不由味于酱，直路夷通，岂藉佩于杜衡，遥途近易。于是穷河源于西域，涉恒水于东维，采贝叶于鹫山，窥金文于鹤树。所历诸国百有余都，所获经论向七百部，并传以藩驲，聿归上京，因得面奉圣颜，对扬宗极。
此《因明论》者，即是三藏所获梵本之内之一部也。理则包括于三乘，事乃牢笼于百法，研机空有之际，发挥内外之宗，虽词约而理弘，实文微而义显。学之者当生不能窥其奥，游之者数载未足测其源。以其众妙之门，是以先事翻译。其有神泰法师、靖迈法师、明觉法师等，并以神机昭晢，志业兼赅，博习群经，多所通悟，皆蒙别敕，追赴法筵，遂得函丈请益，执卷承旨。三藏既善宣法要，妙尽幽深，泰法师等是以各录所闻，为之义疏。诠表既定，方拟流通，无缘之徒多未闻见。
复有栖玄法师者，乃是才之幼少之旧也。昔栖遁于嵩岳，尝抂步于山门，既筮仕于上京，犹曲眷于穷巷。自蒙修摄，三十余年，切思之诚，二难俱尽。然法师节操精洁，戒行冰霜，学既照达于一乘，身乃拘局于十诵。才既睹其清苦，时以开遮拆之。但以内外不同，行已各异，言戏之间，是非锋起。师乃从容谓才曰：
“檀越复研味于六经，探赜于百氏，推阴阳之愆伏，察律吕之忽微。又闻生平未见《太玄》，诏问须臾即解，由来不窥象戏，试造旬日复成。以此有限之心，逢事即欲穿凿，但以佛法玄妙量，谓未与彼同，虽复强学推寻，恐非措心之所，何因今将内论翻用见讥者乎？”
法师后逢《因明》创行，义趣幽隐，是以先写一通，故将见遗。仍附书云：“此论极难，深究玄妙，比有聪明博识，听之多不能解，今若复能通之，可谓内外俱悉矣。”
其论既近至中夏，才实未之前闻，耻于被试不知，复为强加披阅。于是依极成而探深义，凭比量而求微旨，反覆再三，薄识宗趣。后复借得诸法师等三家义疏，更加究习，然以诸法师等虽复序致泉富，文理会通，既以执见参差，所说自相矛楯。义既同禀三藏，岂合更开二门，但由衅发萧墙，故容外侮窥测。
然佛以一音演说，亦许随类各解，何必独简白衣，不为众生之例？才以公务之余辄为斯注，至于三法师等所说善者，因而成之；其有疑者，立而破之。分为上、中、下三卷，号曰“立破注解”。其间墨书者，即是论之本文。其朱书注者，以存师等旧说。其下墨书注者，是才今之新撰，用决师等前义。凡有四十余条，自郐以下犹未具录。至于文理隐伏稍难见者，仍画为义图，共相比挍。
仍更别撰一方丈图，独存才之近注论。既外无人解，无处道听途说。若言生而知之，固非才之望也。然以学无再请，尚曰传灯，闻一知十，方称殆庶，况乎生平不见，率尔辄事含毫，今既不由师资，注解能无纰紊。窃闻雪山夜叉说生灭法，丘井野兽叹未曾有。苟令所言合理，尚得天仙归敬。才之所注，庶几于兹。
法师等若能忘狐鬼之微陋，思句味之可尊，择善而从，不简真俗，此则如来之道，不坠于地，弘之者众，何常之有。必以心未忘于人我，义不察于是非。才亦扣其两端，犹拟质之三藏。
秋七月己巳，译经沙门慧立闻而愍之，因致书于左仆射燕国于公论其利害，曰：
立闻诸佛之立教也，文言奥远，旨义幽深，等圆穹之廓寥，类沧波之浩瀚。谈真如之性相，居十地而尚迷；说小草之因缘，处无生其犹昧。况有萦缠八邪之网，沉沦四倒之流，而欲窥究宗因，辩其同异者，无乃妄哉！
窃见大慈恩寺翻译法师，慧基早树，智力夙成，行洁圭璋，操逾松杞，遂能躬游圣域，询禀微言，总三藏于胸怀，包四含于掌握，嗣清徽于曩哲，扇遗范于当今，实季俗之舟航，信缁林之龟镜者也。所翻圣教已三百余轴，中有小论，题曰“因明”，诠论难之旨归，序折邪之轨式，虽未为玄门之要妙，然亦非造次之所知也。
近闻尚药吕奉御以常人之资，窃众师之说，造《因明图》，释宗因义。不能精悟，好起异端，苟觅声誉，妄为穿凿，排众德之正说，任我慢之偏心，媒炫公卿之前，嚣喧闾巷之侧，不惭颜厚，靡倦神劳，再历炎凉，情犹未已。
然奉御于俗事少闲，遂谓真宗可了，何异鼷鼠见釜灶之堪陟，乃言昆、阆之非难，蛛蝥睹棘林之易罗，亦谓扶桑之可网，不量涯分，何殊此焉。抑又闻之，大音希声，大辩若讷。所以净名会理，杜口毗城。尼父德高，恂恂乡党。又叔度汪汪之称，元礼摸揩之誉，亦未闻夸竞自媒而获搢绅之推仰也。
云立致书，其事遂寝。
冬十月丁酉，太常博士柳宣闻其事寝，乃作《归敬书偈》，以檄译经僧众曰：
稽首诸佛，愿护神威。当陈诚请，罔或尤讥。
沉晦未悟，圆觉所归。久沦爱海，舟楫攸稀。
异执乖竞，和合是依。去离取有，理绝过违。
慢乖八正，戏入百非。取舍同辩，染净混微。
简金去砾，琢玉裨辉。能仁普鉴，凝虑研几。
契诚大道，孰敢毁诽。谔谔崇德，唯唯浸衰。
惟愿留听，庶有发挥。望矜悃悃，垂诲婓婓。
《归敬》曰：
昔能仁示现王宫，假殁双树，微言既畅，至理亦弘，刹土蒙摄受之恩，怀生沾昭苏之惠。自佛树西荫，觉影东临，汉、魏寔为滥觞，符、姚盛其风彩，自是名僧间出，贤达连镳，慧日长悬，法轮恒驭。
开凿之功始自腾、显，弘阐之力仍资什、安。别有单开，远适罗浮、图澄，近现赵、魏，粗言圭、角，未可缕陈。莫不辩空有于一乘，论苦集于四谛，假铨明有，终未离于有为，息言明道，方契证于凝寂。犹执玄以求玄，是玄非玄；理因玄以忘玄，玄或是玄。义虽冥会幽途，事理绝于言象，然摄生归寂，终藉筌蹄，亦既立言，是非锋起，如彼战争，干戈竞发，负者屏气，胜者先鸣。故尚降魔，制诸外道，自非辩才，无畏答难有方，则物辈喧张，我等耻辱。是故专心适道，一意总持，建立法幢，祇椎法鼓，旗鼓既正，则敌者残摧，法轮既转，能威不伏。若使望风旗靡，对难含胶，而能阐弘三宝，无有是处。
尚药吕奉御入空有之门，驰正见之路，闻持拟于昔贤，洞微侔（móu，相等，齐等）于往哲。其词辩，其义明，其德真，其行著，已沐八解之流，又悟七觉之分，影响成教，若净名之诣庵园；闻道必求，犹波仑之归无竭。意在弘宣佛教，立破《因明》之疏。若其是也，必须然其所长；如其非也，理合指其所短。今见僧徒云集，并是采石他山。朝野俱闻吕君请益，莫不侧听泻瓶，皆望荡涤掉悔之源，销屏疑忿之聚。