在12世纪末期，蒙古高原上存有大大小小百余个部落，他们的军队实力、文化宗教、语言文字也大不相同。但是，这时已经形成了几个相对有规模的部落集团，并且全在金朝的统治管辖之中，例如蒙古部、塔塔尔部、蔑儿乞惕部、克烈部等。草原上时局动荡未曾统一，各部落之间互相争抢掠夺，战争无休无止。对于底层百姓来说是莫大的灾难，广大的蒙古牧民处于水深火热之中。
金朝的统治者为了防止蒙古地区发展壮大，一方面不断挑拨蒙古各部之间的关系，加深他们彼此的嫌隙，另一方面直接派遣军队镇压。金世宗完颜雍（乌禄）统治时期，甚至派兵大肆掳掠蒙古地区的普通百姓，将年幼的孩童卖给鲁冀地区的富商、官僚充当奴婢。在商贸交易上，金朝的统治者对他们设置很多关卡限制发展。当时蒙古地区的人民无不怨声载道，对金朝统治者也是恨之入骨。因此，结束这场无休止的战争，实现蒙古各部的统一，早日让民众休养生息是蒙古各部人民共同的愿望。铁木真便是在这样的背景之下，顺应民意，统一蒙古各部，成为“众汗之汗”的。
十三翼之战结束后不久，附属于金王朝的塔塔尔部首领蔑古真·薛兀勒图公然叛变，金章宗完颜璟（麻达葛）派兵开始征讨塔塔尔部，并发布诏令要求各属国随军征讨塔塔尔部。塔塔尔部在克鲁伦河地区被金兵击败，只有少部分逃到了斡里札河附近。铁木真截获消息后，当即下令与王汗的兵合集一处，协助金兵夹击塔塔尔部的残余兵力，大获全胜，斩杀了塔塔尔部首领蔑古真，缴获了大量的粮食、牲畜、军械等物资。这次会战，铁木真对东部劲敌进行了毁灭性的打击，塔塔尔部从此一蹶不振，只剩少数的残余苟延残喘。
金王朝为了褒奖铁木真这次会战的胜利，授予他糺军统领之职，他的地位再一次提高。趁热打铁，他又顺势消灭了亲族中曾将他驱逐围困的泰亦赤兀惕兀部，为他日后登上蒙古大汗的宝座扫清了障碍。
铁木真的铁骑部队如春日复苏的野草，强势崛起。与之相对的是塔塔尔部、蔑儿乞惕部以及泰亦赤兀惕兀部等相继被打败，士气颓唐。其他蒙古各部全然被笼罩在铁木真的阴影之下，畏惧他的实力，与铁木真的矛盾也日益激化。
1201年，撒勒只兀惕、豁罗剌思、合答斤、朵儿边、塔塔尔、蔑儿乞惕、斡亦剌惕、弘吉剌、泰亦赤兀惕兀部等十一部的首领在根河集会，迎合札木合建立联盟的倡导并共同将他推举为“古儿汗”，意为天下之主（众汗之汗）。札木合称汗后，召集联盟军队攻打铁木真，与之决一死战。铁木真获知消息后，也丝毫不敢懈怠，他联合王汗共同对抗札木合，毕竟人多力量大，札木合只得灰溜溜地夹尾逃走。而王汗对札木合依然穷追不舍，札木合最后投降了王汗，铁木真则是乘胜追击了泰亦赤兀惕兀部，结果自然是大获全胜。
1202年，铁木真决心消灭塔塔尔部的残余势力，以免留下祸患。于是，再一次发动了对塔塔尔部的战争。在出兵攻打之前，他颁布了一条非常重要的命令，即“战胜时，不许贪财，既定后均分。若军马退却至原排阵处，要再次返回力战，若至原排阵处不返回者，斩”。这条命令标志着一支由统一汗权所指挥的武装力量正在建成。在铁木真的英勇率领之下，塔塔尔余下的部众或是被杀或是沦为了奴隶。塔塔尔部被消灭标志着东部的蒙古各部已被铁木真征服。如此一来，铁木真的劲敌就剩下西部的蒙古各部了，而在西部的蒙古部落中，实力最为强大的当属王汗统领的克烈部。
铁木真强大的速度令人瞠目结舌，王汗也感受到了来自铁木真这头雄狮的威胁，他十分恐慌。铁木真在击败乃蛮等部的联军之后，曾经试图通过部落联姻来缓和与王汗之间的紧张的气氛，于是派人为长子术赤向王汗的孙女求婚，但是却被硬生生地泼了一盆冷水，遭到了拒绝。这个时候，多数战败的蒙古贵族都投向了王汗这边，并挑拨离间，添油加醋地说着铁木真的狼子野心，以劝服王汗攻打铁木真。王汗听信谗言，于是下定决心以联姻为由，让铁木真前来赴宴，计划先下手为强，在宴会上偷袭杀死铁木真。
然而，这次偷袭计划却被王汗帐下的牧民泄露给了铁木真。铁木真周密部署好战斗准备后，就去赴这场“鸿门宴”。宴无好宴，酒无好酒，铁木真当然是一眼识破奸计。正当王汗自以为能降住铁木真时，没想到被铁木真先下手为强，打伤了他的儿子桑昆。但是，王汗的实力出众，兵力集中，铁木真经不起这样的消耗。迫不得已之下，只能选择撤兵离开，并派使者去王汗账下求和，责问他为何恩将仇报、背信弃义，为何以弓箭相向，昔日的“父子”情谊全然不在了吗？
这一次的攻心战奏效，王汗又愿意与铁木真重归旧好、冰释前嫌。而铁木真此时已经不再相信反复无常的王汗，派人求和无非是让王汗麻痹大意，降低警惕。此时的铁木真开始筹划反击之战。当他发现王汗与投靠他的蒙古贵族之间发生决裂之后，铁木真意识到这是一次天赐良机，于是发起对克烈部的突袭，包围王汗的金帐。毫无准备的王汗只能惨然败走，他逃入乃蛮部地界时被哨兵杀死，克烈部由此败亡。这场战役为铁木真统一蒙古各部扫除了最大的障碍，取得了统一蒙古草原的决定性胜利。
灭亡克烈部后，与克烈部相接的乃蛮部最先感受了威胁。乃蛮是西方部落最为强大的部落，经济文化十分发达。当时与铁木真为敌的各支蒙古部落的首领，如蔑儿乞惕部的脱黑脱阿、札答阑部的札木合，纷纷投靠了乃蛮部的首领塔阳汗（本名拜不花）。塔阳汗预见到铁木真一定会进攻乃蛮，他一方面恐惧铁木真势力的席卷，另一方面又受到投奔在他部下的札木合的不断唆使挑拨，便将铁木真视为眼中钉，誓要拔除这个祸患。
于是，塔阳汗计划对铁木真的乞颜部进行突袭，他想要联合汪古部，对铁木真进行夹击；可是汪古部并不愿意与强大的铁木真结为仇敌，反将他的计谋告诉给了铁木真。铁木真知道这个消息后，明白与乃蛮的战争不可避免，于是一面通过中亚的商人摸清乃蛮的军队实力和部署，一面再次整顿军队，以增强战斗力。在铁木真的重新编整下，军队机动灵活、配合协调，非常适应草原的作战需要。
公元1204年夏，铁木真率领部众出征乃蛮。铁木真驻军于哈勒哈河畔的建忒该山；塔阳汗则纠集蔑儿乞惕、克烈、塔塔尔、合答斤等残部，声势浩大，扎营于杭爱山。铁木真与麾下将士商讨征战事宜，有人提出夏天马匹瘦弱，不宜行军，应当延缓到凉爽的秋季较为合适。铁木真认为很有道理，采纳了这个建议，同时可以利用塔阳汗自视甚高，缺乏戒备，以出其不意之机打得他们落花流水。
铁木真率军沿克鲁伦河前进，将军队驻扎在萨里川。塔阳汗也率军渡过鄂尔浑河东进。双方于纳唬昆山相遇。摆好阵容后，恰巧铁木真军营中有一匹瘦马因为受到惊吓逃入乃蛮营中。塔阳汗原本就对铁木真麻痹大意，这时一看瘦马更是不将铁木真放在心上；而一同前来的札木合一看到铁木真军队的架势，就知道铁木真已经今非昔比，交战的结果必然是凶多吉少。于是，札木合佯装不适，偷偷溜走。这一天，状况紧张、激烈。到了下午时，乃蛮军队士气下降，体力不支，而首领塔阳汗也因为麻痹大意，身负重伤被俘。战事瞬间呈现一边倒的局势，乃蛮军队顿时溃散，部众见机逃窜；铁木真却是气势如虹，挥军直下，对敌军追击，并在阿尔泰山前讨平了乃蛮部余众。
乃蛮战役的胜利使得铁木真距离完全统一全蒙古的事业越来越近了。后来在1205年，到处奔波、四处逃窜的札木合被部下捆绑送交至铁木真后被处死，铁木真的威名更为远扬，余下的一些尚未征服的部落都不是铁木真的对手，他们或被击破，或自动归附。铁木真占领了邻近诸部族，彻底消灭了蒙古诸部的残余势力。至此，铁木真终于完成了统一全蒙古的大业。
1206年，全蒙古的各部长、族长诸王、群臣在斡难河畔举行了隆重盛大的库里勒台（大聚会）。会上众人力推45岁的铁木真为全蒙古的可汗，并上尊号为“成吉思汗”，其含义是拥有海洋四方的大酋长。铁木真成为全蒙古的可汗，标志着蒙古族的历史进入了崭新的阶段。延续数个世纪，蒙古各部分裂、战火不断的局面已经结束，草原在成吉思汗铁木真的统治之下形成了大一统的局面，建立起蒙古历史上第一个统一的政权。从此，伟大的蒙古民族开始在中国乃至世界历史舞台上展示其雄伟的身姿。
铁木真统一蒙古各部之战，在中国战争史上占有重要地位，战争中充分显示了铁木真的雄才大略和高超的军事指挥艺术。他创建的“鱼鳞战术”，成为战争指挥艺术的优秀遗产。